"Shogun", 1600'lerde Sekigahara Savaşı'nın şafağında feodal Japonya'da geçiyor. Düşmanın kuşatması, Sengoku döneminin en güçlü askeri komutanı Lord Yoshii Toranaga'ya yaklaşırken, kendisini içinde bulunduğu kötü durumdan kurtarabilecek sırları taşıyan James Blackthorne adlı İngiliz denizci, karaya çıkıp onun topraklarına doğru sürüklenir. Toranaga, İngilizce konuşabilen gizemli dindar soylu kadın Mariko'ya (daha sonra Anjin olarak tanınacak olan) Blackthorne için tercüme yapmasını emreder ve ikisi arasında bir bağ oluşmaya başlar. Savaş tüm şiddetiyle devam ederken, en güçlü iki daimyo arasındaki güç mücadelesinin ortasında kalırken bu hain siyasi ortamda ilerlerken kaderleri iç içe geçer.